Kobato raconte l'histoire d'une jeune fille souhaitant de tout coeur réaliser un vœu. Pour se faire, elle est accompagnée de Ioryogi, une peluche en forme de chien bleu capable de cracher des flammes. Notre héroïne étant complètement ignorante des comportements humains, Ioryogi va se charger à la fois de veiller sur elle et de juger ses réactions face aux diverses situations auxquelles Kobato va être confrontée. Saura-t-elle franchir les diverses étapes nécessaires pour accomplir son vœu?

Kobato est une série qui a eu un parcours un peu chaotique. Prépublié dans un premier temps dans le magazine japonais "Sunday GX" à raison d'un chapitre par mois sous le titre de "Kobato(provisoire)" (premier chapitre publié en décembre 2004), elle sera arrêtée au bout de 7 chapitres, puis reprise à partir d'Octobre 2006 (soit 8 mois après l'arrêt de la série) dans le magazine Newtype sous le titre définitif de "Kobato.". Bien que le Newtype soit sans doute plus adapté à ce genre de Manga que le Sunday GX, davantage orienté vers les jeunes adolescents, la raison officielle est que le Sunday GX n'avait commandé que 7 chapitres, livrés donc par les Clamp, et qu'aucune demande n'a été faite pour poursuivre l'œuvre. Par la suite, au moment de reprendre Kobato, il a été décidé de changer de magazine. On peut remarquer d'ailleurs que le résumé de l'œuvre donné par le Sunday GX n'a absolument rien à voir avec l'histoire. 
A noter que la prépublication du Newtype ignore complètement la précédente prépublication, les 9 premiers chapitres publiés dans ce magazine se passant avant les chapitres publiés dans le Sunday GX. Le chapitre suivant, par contre, suivra la continuité de l'histoire amorcée dans Kobato (provisoire). Pour les volumes reliés, l'histoire sera donc constituée d'abord des 9 premiers chapitres de "Kobato.", puis des 7 chapitres de "Kobato(provisoire)", pour reprendre sur les chapitres de "Kobato.". A noter que le volume 1 comportant 10 chapitres, il est donc constitué des 9 chapitres de "Kobato." et du premier chapitre de "Kobato(provisoire)". 
A noter également qu'une édition reliée des 3 premiers chapitres de "Kobato. (provisoire)" a été publiée avec le "Newtype Pastel" (édition spéciale du Newtype, sortie fin 2006, à peu près en même temps que le Newtype Platinum contenant une édition reliée du tome 18.5 de X).