Misaki Suzuhara est une jeune étudiante de 13 ans qui a été élevée dans une petite ville  par ses grands-parents (son père est décédé, sa mère travaille et vit à Tokyo). Cependant, elle va effectuer sa rentrée des classes dans une nouvelle école à Tokyo, l’école Eliole, et part vivre chez sa jeune tante, Shôko, par commodité.

A son arrivée à la gare, la jeune fille est subjuguée par un combat d’Angelic Layer retransmis sur des écrans. Il s’agit de petites poupées, les Anges, contrôlées par la pensée de leur créateur appelé Deus, qui se battent en duel sur un ring. Un des deux combattants est un magnifique Ange blanc qui parvient à terrasser son adversaire malgré sa petite taille grâce à sa vitesse stupéfiante.

En cherchant des renseignements sur ses petites merveilles, elle fait la connaissance de l'étrange M. It’Chann qui la conseille pour choisir sa poupée. Il lui apprend alors qu’en réalité tous ces anges sont créés à partir d’un même modèle placé dans un œuf, appelé l’œuf de l’ange et c’est son possesseur qui façonne ensuite son combattant selon son envie. Il choisit ses caractéristiques (vitesse, taille, force, etc…) et lui crée sa coupe de cheveux, ses vêtements et ses accessoires.

Le soir même, elle commence à créer son ange qu’elle baptise Lumina.
Par la suite, Misaki rejoint sa nouvelle école et fait la connaissance d’Hatoko Kobayashi, une combattante très forte malgré son jeune âge (elle n’a que 8 ans) ainsi que son grand frère, Kotarô un garçon de son âge très doué en karaté et de Tamayo Kizaki, la meilleure amie de Kotarô, une jeune fille très dynamique. Tous les trois vont se retrouver dans la même classe et très vite devenir inséparables.

Mais Misaki découvre rapidement que les tournois d’Angelic Layer ne sont pas aussi évidents qu’il n’y paraît et de nombreux adversaires l’attendent de pied ferme ! Elle comprend qu’il lui faut apprendre des techniques de combats spécifiques pour Lumina si elle veut évoluer au sein de l’Angelic Layer.

D’autre part, il semble que sa tante soit très au courant des tournois et du monde d’Angelic Layer… et qui est ce mystérieux M. It’Chann qui disparaît toujours mystérieusement ? …ou encore cette jeune femme qui semble espionner notre héroïne ? Mais la première préoccupation de Misaki est de remporter le plus de combats possibles pour faire participer son ange Lumina à de grands tournois et se retrouver face à face avec le magnifique ange blanc aperçu à la gare le jour de son arrivée à Tokyo.